Программа смотрит на этот флаг в категории. Если он там не установлен, то он снимается и в товарах которые относятся к этой категории. В ранних версиях конфигурации была прямая зависимость этого флага в товаре от флага установленного в категории. Сейчас сделали флаг и там и там независимым друг от друга.
Сделаем доработку программы с учетом этого и отправим обновление. Ожидайте.