штатный режим записи как раз и подразумевает обязательное заполнение колонки Единица измерения.
Это можете проверить создав вручную документ установки цен и добавив в него позицию номенклатуры, единица установится автоматически (если конечно у вас номенклатура заполнена корректно)
Откройте движения документа установки цен который был создан мастером загрузки. Есть там движения? Если есть - значит документ создан корректно